Etter et dødelig bombeangrep på Dramaten i Stockholm, der en kvinnelig selvmordsbomber tar livet av over førti mennesker, inkludert Julia Malmros’ venninne, blir landet kastet inn i krise. Julia, som har vendt tilbake til politiet, involveres i etterforskningen sammen med sin eksmann.

Samtidig forsøker Kim Ribbing å gjøre farfarens herregård om til et flyktningmottak, men han møter motstand og avdekker koblinger til terroren. Et nytt angrep mot en moské eskalerer konflikten, og Sverige splittes mellom ytterliggående grupper. Også Julia og Astrid trekkes inn i radikale miljøer, og etter hvert viser det seg at alle hendelsene henger sammen.

Ånden i maskinen kombinerer spenning og samfunnskritikk, og skildrer hvordan ideologiske motsetninger kan rive et samfunn i stykker.