De to brødrene Adam og Florian vokser opp på en jordbruksskole i Østerrike, nær den jugoslaviske grensen. De er mye overlatt til seg selv, og nå som det har brutt ut krig på den andre siden av grensen, holder alt på å gå av hengslene. Det er en tid for opprustning, og gamle idealer som mot, tapperhet og kjærlighet til fedrelandet blomstrer opp hos både unge og voksne. Livet til de to guttene påvirkes av frykten for det som truer utenfra og utspiller seg gjennom den grusomste fantasilek og en stadig speiding etter tegn på at krigen også skal ramme dem. Slutten på flagget vårt er en morsom og brutal roman om brødrekjærlighet, feilslått nasjonalisme og krisene vi ikke kan unngå i livet.