Herzogs sidste dage er en dokumentarisk beretning om naturens hævn, svampenes væren og menneskets livsdrift. Historien følger den tyske filminstruktør Werner Herzogs kamp mod den sjældne sygdom somatoxi og hans heroiske forsøg på at kurere sig selv. Tilstanden skal behandles med stoffet soma, som består af en cocktail af psykedeliske svampe, der bedst lader sig finde i den særegne natur i eksklusionszonen omkring Tjernobylværket i Ukraine. Anført af stalkeren Boris drager Herzog sammen med en mindre ekspedition ind i zonen og afslører dag for dag nye aspekter af en autonom økologi og et desperat menneskes forvandling. Det bliver en meditativ rejse ind i zonens liv og Herzogs deroute. Herzogs sidste dage er første del i en trilogi med titlen ’Planetarisk ekspedition’.