Templets sidste hemmelighed har ligesom Paul Sussmans første spændende roman Den forsvundne hær den arabiske kriminalinspektør Khalifa i hovedrollen. Da hotelejeren Piet Jansens lig bliver fundet i ruinerne i en arkæologisk udgravning ved Nilen, ligner det en rutinesag for Khalifa. Men jo mere han finder ud af om Jansen, jo mere minder det ham om et brutalt mord på en israelsk kvinde nogle år tidligere. Khalifa ignorerer sine overordnedes indvendinger og genåbner sagen, men må arbejde sammen med sin absolutte modsætning, den alkoholiserede israelske detektiv Arieh Ben- Roi. Deres efterforskning bringer dem vidt omkring fra det gamle Jerusalem og korstogene til Vichy-regeringen i Frankrig og det nazistiske holocaust. I en hæsblæsende jagt på en antik jødisk artefakt med så store symbolske kræfter, at den ville kaste Mellemøsten ud i åben krig, hvis den havnede i de forkerte hænder. Fortid og nutid væves sammen i en pulserende spændingshistorie fra et af verdens mest eksplosive konfliktområder.