Forholdet mellom NKPs militære grupper og Milorg i Stor-Oslo var konfliktfylt, men hadde også elementer av tett samarbeid preget av skiftende former for ledelse og organisering og dramatiske og farefulle aksjoner. Mens kommunistene tidlig ivret for sabotasje og geriljakamp var Milorg mer opptatt av å bygge en organisasjon som skulle stå klar når den allierte invasjonen kom. Rød skygge over D13 kaster nytt lys over denne siden ved den militære motstandskampen og viser også linjene til initiativ tatt av briter, russere, amerikanere og norske militære myndigheter i eksil. Samtidig viser boken hvordan tysk etterretning med god hjelp av norske agenter og angivere var med på å forme forholdet mellom kommunistene og Milorg. Spillet mellom okkupant og motstandsbevegelse antok forskjellige former: konspiratoriske samtaler over bordene på Kafé Stabil eller Kaffistova, svært risikable aksjoner i regi av Max Manus, Asbjørn Sunde eller Ragnar Sollie og med god hjelp av risikovillige ungdommer fra kommunistiske militærgrupper, eller nervepirrende spaning i bygatene for å avsløre livsfarlige angivere. Samtidig foregikk det et politisk spill i kulissene, der frykten for kommunistenes egentlige motiver la en demper på Milorgs samarbeidsvilje. Mye av kildematerialet som boken er basert på er nytt og har ikke tidligere vært brukt av okkupasjonshistorikere. Også deler av billedmaterialet blir her publisert for første gang.