I denne boken følger vi Hans Thomas og faren på reise gjennom Europa på leting etter moren. Under denne reisefortellingen ligger mange andre historier. Men hvordan kan alle historiene henge sammen? Hvem var den mystiske dvergen på bensinstasjonen på grensa til Sveits? Hvilken hemmelighet har bakeren i Dorf båret på? Hvorfor må Hans Thomas helt tilbake til et forlis i 1790 før han skjønner hvorfor moren reiste til Athen? I "Kabalmysteriet" binder Jostein Gaarder sammen fantasi og virkelighet, eventyr og slektshistorie på en fascinerende måte. Med varme og innsikt skildrer han forholdet mellom far og sønn og deres kamp for identitet og tilhørighet.