När Vera får i uppgift att forska om skolans historia anar hon snart att något inte står rätt till. Skolan, som en gång i tiden varit ett sjukhus för lungsjuka, tycks bära på många hemligheter. Tillsammans med vännen Chrisse och nya klasskompisen Steffi tar sig Vera upp på tredje våningen, där det egentligen är förbjudet att vara. 

Snart visar det sig att skoluppgiften drar igång något som legat gömt i årtionden. Oförklarliga skuggor och mystiska meddelanden börjar dyka upp runt Vera. Och varför har svarta fåglar börjat cirkulera kring skolan?  När även Steffi börjar bete sig underligt väcks frågan - vad är det egentligen som pågår på skolan? Och vem kan Vera lita på?

Skuggan på tredje våningen är en spännande bok om vänskap och hemligheter, men också om vikten av att våga blicka tillbaka för att förstå vår nutid.